Από τις 6 Μαΐου 2011, ο Κώδικας ISPS τέθηκε σε ισχύ στον Σταθμό Εμπορευματοκιβωτίων Πειραιά και υποχρεώνει, σύμφωνα με το άρθρο 11 του ν. 3622/2007, τα σκάφη που πρόκειται να καταπλεύσουν στις εγκαταστάσεις της ΣΕΠ να συμπληρώνουν και να διαβιβάζουν στον υπεύθυνο ασφάλειας λιμενικής εγκατάστασης τα έντυπα πληροφοριών προ του κατάπλου του πλοίου, όπως επισυνάπτονται στο Παράρτημα I.
Τα έντυπα πρέπει να συμπληρώνονται και να διαβιβάζονται τουλάχιστον 24 ώρες πριν από τον κατάπλου του σκάφους. Η μη συμπλήρωση των υποχρεωτικών αυτών εγγράφων μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα την καθυστέρηση ή την απαγόρευση του κατάπλου του σκάφους.
Η ΣΕΠ δεσμεύεται να παρέχει έναν ασφαλή σταθμό εμπορευματοκιβωτίων διασφαλίζοντας ότι όλες οι επιχειρηματικές δραστηριότητες διεξάγονται κατά τρόπο που συνάδει με τους εθνικούς, ευρωπαϊκούς και διεθνείς νόμους και κανονισμούς. Για τον λόγο αυτό, έχει θεσπιστεί πολιτική ασφάλειας με γνώμονα ότι η ασφάλεια των υπαλλήλων, των πελατών και των περιουσιακών στοιχείων μας είναι θεμελιώδης για την επιτυχημένη λειτουργία της λιμενικής εγκατάστασης καθώς και ότι η πολιτική αυτή είναι προς το συμφέρον όλων των χρηστών του Σταθμού. Η θεσπισθείσα πολιτική ασφάλειας παρουσιάζεται στο Παράρτημα II.
Από τις 15 Σεπτεμβρίου 2011, ο ΣΕΠ επιβάλλει τέλος ISPS ανά έμφορτο εμπορευματοκιβώτιο εισαγωγής/εξαγωγής (τοπικό φορτίο) ύψους 10,70 ευρώ/εμπορευματοκιβώτιο, ποσό το οποίο καλύπτει μέρος του κόστους υλοποίησης των απαιτούμενων συστημάτων ασφάλειας.
Το τέλος έμφορτου εμπορευματοκιβωτίου εξαγωγής καταβάλλεται απευθείας από τους ναυλομεσίτες και το τέλος έμφορτου εμπορευματοκιβωτίου εισαγωγής από τους παραλήπτες του φορτίου.
